本處設五組，分別掌理左列事項：
一、規劃組：博物館教育功能之規劃與推展；發展方向與營運管理計畫之
擬訂等事項。
二、展示組：博物館展示主題與內容之規劃設計：展示品之製作、購置及
安裝；展示之海洋生物之蒐集、馴養種類之建議及標本典藏等事項。
三、生物組：展示之海洋生物之採集、馴養、管理、繁殖計畫之擬訂、繁
養殖技術之研究發展及飼養計畫之擬訂等事項。
四、工務組：環境與建築設備之規劃設計、施工管理及驗收等事項。
五、行政組：機要、庶務、研考、文書、出納、保管及其他不屬於各組等
事項。