總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，經交通部核定符合下列各款要件者，其海運業務收入得選擇依本法第二十四條之四第二項規定，按船舶淨噸位計算其營利事業所得額：
一、在中華民國境內依航業法設立，經交通部許可之船舶運送業。
二、以第三條第一項規定之船舶實際從事客貨運輸，並負責該等船舶之經營策略及商業管理。
三、登記擁有一艘以上中華民國船舶，且其自有中華民國船舶之淨噸位合計數，自適用本法第二十四條之四規定計算營利事業所得額之第三年度決算日起，應達營利事業及其直接或間接持有具表決權之股份或出資額超過百分之五十之子公司所擁有全部船舶淨噸位合計數之百分之十五。
四、登記擁有中華民國船舶之淨噸位合計數，自適用本法第二十四條之四規定計算營利事業所得額之第五年度決算日起，應達營利事業及其直接或間接持有具表決權之股份或出資額超過百分之五十之子公司所擁有全部船舶淨噸位合計數之百分之三十。
五、僱用中華民國員工（含海上及岸勤人員）三十五人以上，並按所屬總噸位五百以上之中華民國船舶艘數，依規定應配置船員總人數計算，每十五名船員提供二名實習生名額，餘數超過十人，再提供一名實習生名額，以承擔中華民國船員培育及訓練義務。
前項第二款所稱經營策略，包括決定重大資本支出及財產處置（如買賣船舶）、主要合約及策略聯盟協議等；商業管理包括商業經營（如路線規劃、受理客貨運輸登記地、保險決策、融資決策、人事管理及培訓等）及技術管理（如維修保養船舶及燃料管理等）。