本分署掌理下列事項：
一、下水道相關建設計畫之協調及執行。
二、直轄市、縣（市）下水道計畫之擬訂。
三、下水道與再生水工程之規劃、測量、設計、施工監造、專案管理及驗收。
四、下水道與再生水工程採購發包、施工品質、職業安全衛生及工務行政管理。
五、再生水、下水能（資）源再利用與下水道永續營運管理相關計畫之執行及協調。
六、直轄市、縣（市）下水道與再生水工程規劃、設計及專案管理成果之審核；施工、營運管理之抽查及督導。
七、直轄市、縣（市）下水道防災整備、防災應變與災後復建計畫之審核、執行、督導及協調。
八、直轄市、縣（市）下水道防災預警與通報作業之管理及協調。
九、辦理中央管理或跨縣市設施之營運管理。
十、其他有關下水道工程事項。