專營電子支付機構對於每日記錄於使用者電子支付帳戶之代理收付款項，最遲應於次一銀行營業日內存入專用存款帳戶。但利用信用卡透過電子支付帳戶或儲值卡進行支付之代理收付款項，不在此限。
專營電子支付機構儲存於管理銀行之代理收付款項每日餘額，不得低於前一銀行營業日全部專用存款帳戶代理收付款項總餘額之百分之五十；如有不足者，專營電子支付機構應於當日補足。
專營電子支付機構存入清算帳戶及跨行業務基金專戶之款項餘額，納入前項管理帳戶之代理收付款項餘額規定之計算。
專營電子支付機構依本條例第二十一條第一項規定將支付款項交付信託，經與管理銀行約定應儲存於管理帳戶及合作帳戶之代理收付款項比例，得不適用第二項規定。