依本條例第十八條第二項規定，自由港區事業辦理有關重整、加工、製造、修理、檢驗、測試之帳務處理事項如下：
一、自由港區事業貨物因重整、加工、製造、修理、檢驗、測試等，致改變原貨物名稱、規格、型號、料號者，按其改變後之料號登帳，並於貨物報運出口、轉儲或內銷前，檢附單位用料清表及相關文件送海關申請備查，以核銷原貨物帳；未依規定申請辦理者，不予除帳。但未改變料號者，仍依原料號登帳。
二、自由港區事業加工、製造貨物，得依其原料之性質或型態，選擇含損耗或不含損耗使用數量編製單位用料清表。
三、依第九條或第十條規定委託課稅區或保稅區廠商加工、修理、檢驗、測試等貨物，如改變原貨物名稱、規格、型號、料號者，應編製單位用料清表送管理機關或海關審查；經核准之單位用料清表如有變更，應送海關備查。
四、作業過程中產生之廢料、廢品、下腳應另儲存，定期造冊向管理機關申請，由管理機關會同海關監毀，其有殘餘價值部分，依規定辦理稅費徵免後，得輸入課稅區。
五、委託區外廠商辦理修理、測試、檢驗、加工所產生之廢料、廢品、下腳，應於復運入區時報明，並依前款規定辦理。
六、前款之廢料、廢品、下腳，區外廠商設有二十四小時連續錄影或動態偵測錄影之監視系統、專區存放、帳務控管完備者，經管理機關核准得不運回自由港區；管理機關得會同海關於區外辦理銷毀作業，其有殘餘價值部分，應依規定辦理稅費徵免。