大陸地區人民經依第十二條規定申請許可進入金門、馬祖或澎湖，而有逾期停留或從事與許可目的不符之活動或工作者，其代申請人、綜合或甲種旅行社，內政部得視情節輕重，一年以內不受理其代申請案件；其已代申請尚未許可之案件，不予許可。未依限帶團全數出境之綜合或甲種旅行社，亦同。
大陸地區人民以旅行事由申請許可進入金門、馬祖或澎湖，而有第十七條第一項第五款之情形者，於不予許可期間屆滿次日起算三年內，不得以臨時入境停留通知單方式入境。
大陸地區船員或服務於船舶之人員經許可臨時停留，違反第十六條規定者，該船舶所屬之船舶運送業者在金門、馬祖或澎湖之船務代理業者，六個月內不得以該船舶申請大陸地區船員或服務於船舶之人員臨時停留。
金門、馬祖或澎湖之旅行業辦理接待大陸地區人民來金門、馬祖或澎湖旅行業務，其監督管理，由交通部或其授權之機關辦理。