違反第十四條之一第二款規定，處新臺幣十萬元以上一千五百萬元以下罰鍰，並按次處罰；其違規情節重大者，主管機關並應令其停止經營全部或部分項目糧食業務一定期間，或廢止糧商登記或部分糧商登記事項。
違反第十四條之一第一款規定，經主管機關令其限期改正，屆期未改正者，處新臺幣四萬元以上四百萬元以下罰鍰，並按次處罰。但其違規情節重大者，主管機關得逕予處罰，並應令其停止經營全部或部分項目糧食業務一定期間，或廢止糧商登記或部分糧商登記事項。
有下列情形之一者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並按次處罰：
一、違反第十一條第一項規定，經營糧食之資料未予記錄；或從事糧食輸入或加工業務者，未依第十一條第二項規定記錄糧食供應來源及流向資料。
二、糧商違反第十一條第四項規定，規避、妨礙或拒絕查核記錄資料或抽樣檢查，或不願提供產品供應來源及流向等相關資料。
三、糧商或糧食零售業者違反第十五條第一項規定，規避、妨礙或拒絕主管機關對市場銷售糧食實施之抽查、檢驗或不願提供糧食來源相關資料。