一般性補助款應編列於「補助直轄市及縣市政府」預算科目項下，連同第三條第一項第三款之專案補助款，各受補助之直轄市、縣（市）政府應相對列入其地方預算。
計畫型補助款應編列於中央政府各機關預算項下；中央政府各機關應於補助額度確定後，即先估列直轄市、縣（市）政府分配金額，並於會計年度開始四個月前通知直轄市、縣（市）政府列入其地方預算。直轄市、縣（市）政府編列補助收入時，應註明編列依據，否則不得編列。
前項補助款，直轄市、縣（市）政府應相對編足分擔款，並依計畫實際執行進度按分擔比率撥付支用，不得先行支用補助款或將補助款移作他用；違反者，中央得停撥其當年度或停編以後年度之補助預算。
中央政府各機關有下列情形之一，未能於第二項規定期限內通知直轄市、縣（市）政府時，應敘明理由連同補助項目及金額函報主管機關轉行政院備查：
一、補助款須於年度進行中，方可依第十四條第一項各款辦理之評比結果，估列或確定直轄市、縣（市）政府分配金額者。
二、補助款具有支應災害或重大緊急事項之準備金性質者。
三、補助款係補助延續性工程項目，且須視前一年度實際執行進度，方可估列或確定直轄市、縣（市）政府分配金額者。