申請人應自特定工廠登記之日起，每年繳交營運管理金予直轄市、縣（市）主管機關或其指定之代收機構，至取得土地及建築物合法使用之證明文件，或特定工廠登記失效之日止。
前項每年期間自當年三月二十日至次年三月十九日止；其不滿一年者，按登記日數占全年日數之比例計收。
申請人於特定工廠登記後，應於每年三月十九日前繳交當年度之營運管理金。
第一項營運管理金之計算，工廠廠地面積在三百平方公尺以內者，繳交新臺幣二萬元；超過三百平方公尺者，每增一百平方公尺，加計新臺幣五千元；不足一百平方公尺者，以一百平方公尺計算。但每件每年最高繳交金額以新臺幣十萬元為限。
申請人未依前四項規定繳交營運管理金者，直轄市、縣（市）主管機關應通知其於三十日內補繳，屆期未依規定繳交者，應廢止其特定工廠登記。