離島免稅購物商店、提貨處及其自用保稅倉庫間保稅貨物之移運，應將移倉申請書（含裝箱單明細）電子資料傳輸至海關離島免稅購物商店系統，經系統回應記錄有案憑以移運。因天災、事變、不可抗力或連線中斷等事由，致未能傳輸者，應先報經監管海關核准後始得先行移運，並於系統恢復後儘速傳輸。
離島免稅購物商店與其提貨處設置於同一離島地區之不同島嶼者，前項保稅貨物經監管海關核准，得自其自用保稅倉庫移運至提貨處，並應於移倉申請書（含裝箱單明細）加列售貨單號碼及售貨單項次傳輸至海關離島免稅購物商店系統。
前二項保稅貨物應於移運前檢附移倉申請書（含裝箱單明細）一份供海關查核，經專責人員核對無訛後辦理加封，監管海關得視需要辦理押運。
第一項及第二項保稅貨物之移運，應以保稅運貨工具依海關管理保稅運貨工具辦法規定辦理。但移出入處所均設於同一機場、港口管制區內，或經監管海關核准免以保稅運貨工具移運者，不適用之。