申請幹部船員執業證書者，應填具申請書，並檢附下列文件及證書費，向中央主管機關辦理：
一、最近一年內二吋半身正面脫帽照片二張。
二、漁船船員手冊影本一份。但境內僱用外國籍船員及境外僱用非我國籍船員完成第十一條第一項第二款幹部船員專業訓練者，免附。
三、境內僱用外國籍船員者，應檢附居留證或現正受僱從事海洋漁撈工作之聘僱許可函影本；境外僱用非我國籍船員者，應檢附現正受僱漁船之僱用許可影本。
四、下列各目之一證明文件正本、影本各一份，正本於繳驗後發還：
（一）考試院核發之漁船船員考試及格證書。
（二）中央主管機關核發之漁船幹部船員專業訓練結業證書。
（三）經中央主管機關認定符合幹部船員相關類科同等訓練之考試院核發之航海人員相關考試及格證書、海事校院及其有關系科畢業證書或交通部核發之船員適任證書。
五、經第十條第一項醫療機構所出具有效之合格漁船船員體格檢查證明書一份。
六、其他經中央主管機關指定應繳（驗）之證明文件如附表三。
前項第四款第三目之相關類科同等訓練認定資格如附表三之一。
申請幹部船員執業證書時，其領有第一項第四款之考試及格證書、結業證書、畢業證書或適任證書，自核發日逾五年者，需再接受第十一條第一項第二款規定之訓練，領有結業證書後，始得申請幹部船員執業證書。但提出最近五年內出海作業達一年之經歷證明者，不在此限。
幹部船員執業證書有效期限最長為五年，其有效期限不得逾漁船船員手冊有效期限；期滿申請換發者，應於期滿前一年內申請換發。