商港服務費得提撥總額千分之五，交由勞動部運用於提升港口相關工會人力服務品質之相關事項。
商港服務費之收入扣除前項經費後，應全部用於有收取商港服務費商港之建設，其用途如下：
一、防波堤、航道、迴船池、助航設施、公共道路及自由貿易港區之資訊、門哨、管制設施等商港公共基礎設施。
二、基於航港政策需要及配合國際公約辦理之研究發展規劃、調查研究、參與國際港口相關組織、港口保全、管制與設備建置等支出。
三、配合航港發展需要有關之聯外交通設施、環保節能設施、污染防制設施、商港交通管理設施及商港土地取得等支出。
四、商港服務費之行政管理費用。