秘書室掌理文書、事務、出納、檔案等事宜。分設四股，各股之職掌如下
：
一、文書股：
(一) 公文書之總收文及分文。
(二) 文稿之收繕、校對、用印、總發文及移送歸檔。
(三) 各單位公文收發作業之規劃及督導。
二、事務股：
(一) 土地及建築物之產權登記、維修及管理。
(二) 財產之接管、維護、報廢及變賣。
(三) 員工宿舍之分配、管理及檢修。
(四) 各種辦公用品、器材之購置、核發及保管。
(五) 司機、技工、工友之僱免及管理。
(六) 各種車輛之調派、管理及肇事管理。
(七) 油料、水電、電話、環境衛生之管理。
(八) 各項事務費用之支付、報銷。
(九) 各會議場所之管理。
(十) 防護團之組訓事宜。
(十一) 辦理各項採購作業之招標事宜。
(十二) 辦公環境之維護。
三、出納股：
(一) 各項出納帳簿之登帳及報表之編製。
(二) 黃金、外幣、有價證券、公債、存單、原封等擔保品寄存中央銀行
後憑證之保管。
(三) 各項公款、押標金之收受及存庫。
(四) 各項經費之支付。
(五) 員工薪資、福利金、罰鍰獎金、考績獎金、年終獎金、不休假加班
費等之發放。
(六) 保險費、互助金、住宅貸款、急難貨款、優惠存款、信用扣款、小
額貸款、所得稅等之扣繳。
(七) 扣免繳憑單之填發申報。
(八) 零用金之發放、核銷。
(九) 其他款項之代收及代付。
四、檔案股：
(一) 歸檔文稿之點收、立案、編目、保管。
(二) 歸檔文稿之清查、銷燬、移轉之檔案清理。
(三) 檔案文稿之檢調及安全維護。
(四) 檔案管理工作計畫之擬定、督促及執行。
(五) 分局、稽徵所檔案管理作業規劃與督導。
(六) 檔案目錄彙送。