人事室分設三科，各科掌理事項如下：
一、人力規劃科：
（一）關於員額編制之建議訂（修）定事項。
（二）關於職務歸系建議事項。
（三）關於本總局與所屬機關人事機構之設置、撤銷及其員額編制清冊訂
（修）定之事項。
（四）關於海巡特考需求員額提列事項。
（五）關於人事工作標準之訂定及工作簡化事項。
（六）關於人事規章之建議訂（修）定事項。
（七）關於任免、調遷之擬辦事項。
（八）關於軍職人員晉任、晉支事項。
（九）關於軍職人員人力預判、儲備及補充之擬辦事項。
（十）關於人事表冊之編造及審核事項。
（十一）關於文職人員兼職（課）之報備事項。
（十二）其他有關人事計畫綜合及本室不屬其他各科事項。
二、考訓給與科：
（一）關於訓練、進修及軍職人員深造教育等之推薦及核派事項。
（二）關於人事資訊作業及資料管理事項。
（三）關於退伍（休）審核、轉報之擬辦事項。
（四）關於請（休）假、軍職人員出國與出勤管理之執行及考核事項。
（五）關於平時考核、考績、獎懲案件之簽辦及關於模範海巡人員之甄選
、表揚事項。
（六）關於軍職人員因公傷殘死亡慰問及軍眷身分證申請作業事項。
（七）關於征屬服務（含家屬權益、慰助、協調聯繫、傷亡撫慰等）工作
之擬辦事項。
（八）關於軍國（眷）宅餘額配售之擬辦事項。
（九）關於人員待遇、保險、撫卹及各種津貼補助之擬辦事項。
（十）關於人員服務證核發及加班費作業事項。
（十一）關於各種慶典之指派督導及其他人事服務事項。
三、心理諮商科：
（一）關於心理諮商工作策劃事項。
（二）關於心理諮商人員工作考評事項。
（三）關於結合學界、實務工作者、專業醫院或民間機構等相關資源，建
立完善心理輔導網路事項。
（四）關於心理諮商教材編印與書籍之購置及管理事項。
（五）關於心理諮商工作專題研究事項。
（六）關於心理諮商推廣教育、專題演講事項。
（七）關於心理諮商人員與儲備幹部專長訓練及協助辦理事項。
（八）關於心理測驗及問卷事項。
（九）關於所屬機關心理輔導個案研討、指導及協調、處理事項。
（十）其他有關心理諮商事項。