環境保護大隊由直轄市、縣（市）政府環境保護局編組，指揮、監督、管制及運用所轄環境保護中隊，執行轄內環境消毒及環境清理任務，其編組如下：

一、置大隊長一人，由環境保護局局長兼任，綜理大隊務。

二、置副大隊長一人，由環境保護局副局長兼任，襄理大隊務。

三、置幹事若干人，由大隊長遴選環境保護局適當人員兼任，辦理大隊務。

四、設環境保護中隊：由直轄市、市政府環境保護局或鄉（鎮、市）公所清潔隊（環保課）編組。置中隊長一人，由直轄市、市政府環境保護局遴員或清潔隊隊長（環保課課長）兼任；置副中隊長一人、幹事若干人，由中隊長遴選直轄市、市政府環境保護局或清潔隊（環保課）適當人員兼任；隊員若干人，由直轄市、市政府環境保護局或清潔隊（環保課）人員擔任，分別綜理、襄理、辦理中隊務、執行任務。