犬、貓之所有人或管理人未依第十二條第一項規定填具申請書或檢附文件者，主管機關得依本條例第二十八條第一項第三款規定，對犬、貓為必要之處置，所需費用，由所有人或管理人負擔。但經金門、馬祖檢疫站認定無疑似感染狂犬病之臨床病徵，且符合下列規定之一者，得由所有人或管理人申請進出金門、馬祖地區：
一、由臺灣本島未設有檢查櫃檯之港、站出發，或未向檢查櫃檯申請，而進入金門、馬祖地區者，應於金門、馬祖檢疫站指定之機構完成狂犬病預防注射及辦理寵物登記，並簽發進出離島處理紀錄表後放行。
二、進入金門、馬祖地區已完成狂犬病預防注射及辦理寵物登記後，再返回臺灣本島者，不受首次注射或寵物登記應滿日數之限制。
三、需至臺灣本島就診且無法施打狂犬病預防注射者，檢附寵物登記或當地就診紀錄證明文件，及臺灣本島動物醫療機構預約就診證明文件，始得放行。
前項犬、貓進出金門、馬祖地區後，金門、馬祖檢疫站應副知其目的地之直轄市、縣（市）主管機關辦理後續追蹤及查處。
偶蹄類、單蹄類及禽、鳥類動物之所有人或管理人未依第五條、第九條或第十一條規定填具申請書或檢附文件者，金門、馬祖檢疫站得通知所有人或管理人限期補正；屆期未補正者，得逕予退運或通知領回；未領回者，逕予撲殺後銷燬。所需費用，均由所有人或管理人負擔。
生鮮、冷藏、冷凍動物產品之所有人或管理人未依第五條或第十一條規定填具申請書或檢附文件者，金門、馬祖檢疫站得通知所有人或管理人限期補正；屆期未補正者，得逕予退運或通知領回；未領回者，逕予銷燬。所需費用，均由所有人或管理人負擔。