本條例第二十一條第一項規定消滅科學事業合併前，已享有而尚未屆滿或尚未抵減之租稅獎勵，包括該消滅科學事業於中華民國八十八年十二月三十一日前依本條例或其他法律規定享有之租稅獎勵。
合併後存續或新設科學事業依本條例第二十一條第一項規定，繼續承受消滅科學事業之租稅獎勵者，應就屬消滅科學事業部分獨立設置帳簿，並以該帳簿為準，核實計算消滅科學事業原受獎勵且獨立生產之產品或提供之勞務部分之所得額或應納稅額。
前項帳簿，應依規定設置完備，並獨立計算消滅科學事業部分之銷貨額、銷貨成本及毛利，且應嚴格合理分攤管理費用及非營業損益。