大陸地區人民依第十二條規定申請經許可者，得核發六個月效期之往來金門、馬祖或澎湖單次入出境許可證或一年至三年效期之多次入出境許可證，由當事人持憑連同有效之大陸居民往來臺灣通行證或大陸地區旅行證件（不包含港澳通行證），經移民署查驗後入出金門、馬祖或澎湖。
前項入出境許可證效期，必要時，得予縮短；應備查驗文件，必要時，得予增加。
以旅行事由申請者，得於入境金門、馬祖、澎湖時向移民署申請發給臨時入境停留通知單，持憑入出境。其適用對象、限制方式、人數及應備文件，由移民署公告，並刊登政府公報。
大陸地區人民依第十二條規定申請許可者，其停留期間如下，並不得辦理一般延期：
一、社會交流：每次停留期間不得逾二個月。
二、藝文商務交流：按實際需要核給，每次最長停留期間不得逾三個月。
三、就學：每次停留期間不得逾四個月。
四、旅行：每次停留期間不得逾十五日。
依本辦法許可入境之大陸地區人民，因疾病住院、災變或其他特殊事故，未能依限出境者，得向服務站申請延期停留，每次不得逾十五日。但經移民署會同相關機關認有必要者，得酌予延長期間及次數；其停留期間之相關費用，由代申請人代墊付。