主管機關受理第七條增量抵換或第八條執行報告，應依下列程序於九十日內完成審查，並將審查結果作成准駁之決定：
一、形式審查：主管機關應就文件內容進行書面完整性審查。
二、實質審查：主管機關應就事業進行溫室氣體排放量增量抵換之計算方式、執行期程、抵換來源是否符合第四條及第五條規定實質審查，並得遴聘專家學者協助審查。
主管機關審查前項提送資料，經形式審查不合規定或內容有欠缺，或實質審查內容資料須補正，應詳列補正所需資料，通知事業限期補正，補正日數不計入審查期間，補正總日數不得超過三十日；屆期未補正或補正仍不合規定者，予以駁回。