資訊司掌理事項如下：
一、農業資訊管理、資通訊應用發展政策、法規、重大方案與施政計畫之研擬及督導。
二、農業地理資訊與航遙測應用之發展規劃、協調及督導。
三、資通訊技術農業創新應用之發展規劃、協調及推動。
四、農業數位治理與開放之策略規劃、協調及推動。
五、本部與所屬機關（構）重大資訊計畫之監督及管考。
六、本部與所屬機關（構）資訊系統之數位整合應用規劃、協調及推動。
七、本部與所屬機關（構）共用資訊基礎設施、資源與系統之整體規劃及推動。
八、資通安全管理之政策擬訂、規範訂定、協調、推動、查核及督導。
九、其他有關資訊事項。