業者申請飛航國際包機，應先取得擬飛航之機場起降額度或時間帶，並經民航局航機務審查合格及依民用航空運輸業管理規則申請核准後，始得營運。
自中華民國一○四年八月十日本綱要修正施行之日起，業者有發生航空器失事者，自發生日起一年內申請飛航國際包機，除所申請包機之航線，於航空器失事發生日前三個月內有飛航者外，應不予核准。但經民航局飛航安全評議會評定其失事顯著不可歸責於業者或無違反民用航空法規之情事時，不在此限。
業者申請飛航國際包機之航線已有業者經營定期航線班機時，應不予核准。但有下列情形之一並經民航局核准者，不在此限：
一、春節、清明節、端午節、中秋節或其他連續三日以上假期及其前後三日之國際客運包機申請。
二、配合國際貿易旺季之臨時性國際貨運包機申請。