農業天然災害現金救助除第十二條之二規定情形外，其作業程序及辦理期限如下：
一、農民應於中央主管機關公告救助地區之翌日起十個工作日內填具申請表，向受災地鄉（鎮、市、區）公所提出申請，必要時得邀請當地農會、漁會協助，逾期不予受理。但災損嚴重時，中央主管機關得公告受理期限延長五個工作日。
二、各鄉（鎮、市、區）公所應於中央主管機關公告救助地區之翌日起三十日內完成勘查，並填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關，勘查得以科學技術輔助之。
三、農民申請救助項目之災損程度符合中央主管機關公告災損天氣參數，或災損嚴重經中央主管機關公告者，鄉（鎮、市、區）公所應依下列規定辦理：
（一）查證具有種植或養殖客觀證明文件者，得免勘查，逕填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關。
（二）無前目文件者，應抽樣勘查百分之二十以上之申請案件，確認無第十二條之一第一項第一款及第二款情形後，填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關。
四、直轄市或縣（市）主管機關應於收受鄉（鎮、市、區）公所救助統計表之翌日起七日內完成轄區鄉（鎮、市、區）公所申請案件之抽查，並將救助統計表及抽查紀錄表報請中央主管機關辦理；其抽查，以二次為限。
五、中央主管機關應於收受直轄市或縣（市）主管機關救助統計表及抽查紀錄表之翌日起七日內完成審核，並依最後抽查結果，將符合救助條件者之救助款逕撥直轄市、縣（市）主管機關或鄉（鎮、市、區）公所，由鄉（鎮、市、區）公所或設有信用部之農會、漁會或承受農會、漁會信用部之金融機構發放。
主管機關所屬各試驗改良場所，應配合辦理前項損害鑑定及抽查工作。