民間機構有本條例第四十三條規定情事，經主管機關廢止興建或營運許可者，應依下列規定辦理：
一、廢止興建或營運許可之原因不可歸責於民間機構者，其尚未適用之投資抵減，不得繼續適用。
二、廢止興建或營運許可之原因可歸責於民間機構者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之營利事業所得稅額，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
主管機關依前項規定廢止興建或營運許可時，應即敘明事由及認定依據，並檢附自與該民間機構簽約之日起交通部所核發之投資抵減證明文件影本，通知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。