申請人有下列情形之一者，原依第七條規定取得之投資抵減稅額證明書失其效力，其應於下列各款所定期日之次日起算六個月內向所在地稅捐稽徵機關申請註銷：
一、依第九條第三項規定取具本部核復函者，為核復函送達之日。
二、未依第九條第三項規定通知本部者，為通知期限屆滿之日。
三、依第十條第一項規定申請核發完成證明經否准者，為否准函送達之日。
四、未依第十條第一項規定期限申請核發完成證明者，為申請期限屆滿之日。
五、經本部依前條規定撤銷或廢止原投資計畫核定函或完成證明核發函者，為撤銷或廢止函送達之日。
申請人經本部依第十條第二項規定核定投資計畫實際支應金額未達核定之投資計畫所募集資金者，投資人及創業投資事業之營利事業股東或合夥人就前開差額不得適用投資抵減，原依第七條規定取得之投資抵減稅額證明書在該範圍內失其效力，其可適用投資抵減之稅額，應按實際支應金額占募集資金金額之比例計算。申請人應自完成證明核發日之次日起算六個月內，向所在地稅捐稽徵機關申請更正投資抵減稅額證明書。
申請人自投資計畫核定日起算至完成證明核發日止，如有第六條第四項規定彌補虧損以外之減資行為，投資人及創業投資事業之營利事業股東或合夥人就該減資部分不得適用投資抵減，原依第七條規定取得之投資抵減稅額證明書在該範圍內失其效力，其可適用投資抵減之稅額，應按募集資金金額扣除該減資部分金額之餘額占募集資金金額之比例計算。申請人應自減資變更登記日之次日起算六個月內，向所在地稅捐稽徵機關申請更正或註銷投資抵減稅額證明書。
稅捐稽徵機關應於前三項受理申請日起算一個月內，將申請結果函復申請人。申請人並應於該函復日之次日起算一個月內，通知投資人及創業投資事業之營利事業股東或合夥人該函復結果。
申請人有第一項至第三項規定之情事，其投資人及創業投資事業之營利事業股東或合夥人已依第八條規定列報抵減稅額而有短繳稅額者，應於前項稅捐稽徵機關函復日之次日起算二個月內，向稅捐稽徵機關補繳前開短繳稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿日之次日起算至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
申請人未依第一項至第三項規定申請註銷或更正投資抵減稅額證明書，或投資人及創業投資事業之營利事業股東或合夥人未依前項規定補繳及加計利息者，應由稅捐稽徵機關追繳其短繳稅額並依前項規定加計利息。