自由港區經核定設置後，申請人應依可行性規劃報告、營運計畫書及管理計畫書之內容，進行開發。
申請計畫變更者，應檢具變更相關之第四條規定文件向主管機關申請核准，並報請行政院備查。
前項申請變更計畫之內容，涉及總目標改變、申設面積、時程調整達計畫面積或計畫時程之三分之一以上者，應由主管機關述明理由，報請行政院核定。
第二項申請計畫變更僅涉及第五條第四款貨櫃（物）控管規劃、第五款管制規劃、第六款防災及緊急應變計畫或第七條第三款自由港區貨棧之設置者，應檢具變更文件向自由港區管理機關申請核准，並報請主管機關備查。但申請人為管理機關者，應向主管機關申請核准。
第二項、第四項申請變更事項，涉及其他目的事業主管機關職掌者，應先會商各該機關意見。