本準則中華民國八十二年十二月三十日修正發布之第十五條之二及第九十七條，自八十三年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
本準則中華民國八十七年三月三十一日修正發布之第六十七條第三項、第七十四條第三款第一目之1與之3、第七十七條之一及第九十五條第十四款，自八十七年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
本準則中華民國九十三年一月二日修正發布之第三十六條之一、第七十六條、第七十八條第一款第十二目與第二款第十二目及第八十五條第二款施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定。
本準則中華民國九十八年九月十四日修正發布之第七十四條、第七十八條、第九十四條、第九十九條第六款施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定。
本準則中華民國一百零一年一月四日修正發布之第十一條、第六十七條及第七十條施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定；第一百十二條第二項，自九十八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
本準則中華民國一百零三年四月九日修正發布之第三十八條、第六十七條、第七十四條及第九十五條第十款施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定；第十五條之三、第九十五條第九款及第十六款，自一百零二年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
本準則中華民國一百零三年九月三十日修正發布之第一百十二條，自一百零四年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
本準則中華民國一百零六年一月三日修正發布之第七十四條第三款第二目、第八十六條、第九十五條第二款及第九十七條施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正施行後之規定。
本準則中華民國一百零七年六月二十九日修正發布之第一百十二條，自一百零七年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
本準則中華民國一百十二年十二月十一日修正發布之第二條第一項、第三十條第四款、第三十二條第六款、第三十六條之二第一項與第四項、第九十五條第十六款及第十七款、第一百條第三款，自一百十二年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。