依所得稅法第一百十條第一項規定應處罰鍰之申報案件，應先就申報部分核定所得額，並依下列公式計算漏稅額：
申報部分核定所得額與漏報或短報所得額之合計數依當年度適用稅率計算之應納稅額－申報部分核定所得額依當年度適用稅率計算之應納稅額－漏報或短報所得額之扣繳稅款＝漏稅額
獨資、合夥組織之營利事業依所得稅法第一百十條第四項規定應處罰鍰之申報案件，應先就申報部分核定所得額，並依下列公式計算之金額按規定倍數處罰：
申報部分核定所得額與漏報或短報所得額之合計數－申報部分核定所得額（負數以零計算）＝核定短漏之所得額
核定短漏之所得額依當年度適用稅率計算之應納稅額－漏報或短報所得額之扣繳稅款＝計算應處罰鍰之基礎金額（負數以零計算）