事業申請許可證（文件）之時機如下：
一、廢（污）水處理設施或海洋放流管線設置完成後，排放廢（污）水於地面水體前。
二、部分廢（污）水納入污水下水道系統者，取得聯接使用證明後，納入污水下水道系統前。
三、廢（污）水委託處理契約簽訂後，委託處理前。
四、貯留設施設置完成後，廢（污）水貯留前。
五、稀釋設施設置完成後，稀釋廢（污）水前。
六、回收使用設施設置完成後，進行廢（污）水回收使用前。
前項事業應設置逕流廢水污染削減設施者，應於設施設置完成後，依前項各款規定之時機辦理。
事業同時具有第一項各款之情形，應於符合各款規定後，始得提出申請許可證（文件）。
污水下水道系統申請許可證（文件）之時機如下：
一、公共污水下水道系統及工業區專用污水下水道系統，準用前三項之規定。
二、新開發社區專用污水下水道系統及其他指定地區或場所專用污水下水道系統，於申領建築使用執照前。