中央主管機關對於排放廢（污）水於地面水體之事業及污水下水道系統（不含公共污水下水道系統及社區專用污水下水道系統），應依其排放之水質水量或依中央主管機關規定之計算方式核定其排放之水質水量，徵收水污染防治費。
地方政府應對依下水道法公告之下水道使用區域內，未將污水排洩於下水道之家戶，徵收水污染防治費。
前二項水污染防治費應專供全國水污染防治之用，其支用類別及項目如下：
一、第一項徵收之水污染防治費：
（一）地面水體污染整治與水質監測。
（二）飲用水水源水質保護區水質改善。
（三）水污染總量管制區水質改善。
（四）水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。
（五）執行收費工作所需人員之聘僱。
（六）其他有關水污染防治工作。
二、第二項徵收之水污染防治費：
（一）公共污水下水道系統主、次要幹管之建設。
（二）污水處理廠及廢（污）水截流設施之建設。
（三）水肥投入站及水肥處理廠之建設。
（四）廢（污）水處理設施產生之污泥集中處理設施之建設。
（五）公共污水下水道系統之操作維護費用。
（六）執行收費及公共污水下水道系統建設管理相關工作所需人員之聘僱。
（七）其他有關家戶污水處理工作之費用。
前項第一款第五目及第二款第六目之支用比例不得高於各類別之百分之十。
第一項水污染防治費，其中央與地方分配原則，由中央主管機關考量各直轄市、縣（市）主管機關水污染防治工作需求定之。
第一項水污染防治費，各級主管機關應設置特種基金；其收支、保管及運用辦法，由行政院、直轄市及縣（市）政府分別定之。
第二項水污染防治費，地方政府得設置特種基金；其收支、保管及運用辦法，由地方政府定之。
第一項水污染防治費得分階段徵收，各階段之徵收時間、徵收對象、徵收方式、計算方式、繳費流程、繳費期限、階段用途及其他應遵行事項之收費辦法，由中央主管機關定之。水污染防治執行績效應逐年重新檢討並向立法院報告及備查。
第二項水污染防治費之徵收時間、徵收對象、徵收方式、計算方式、繳費流程、繳費期限及其他應遵行事項之自治法規，由地方政府定之；其中水污染防治費費率應與下水道使用費費率一致。
第一項水污染防治費，中央主管機關應成立水污染防治費費率審議委員會，其設置辦法由中央主管機關定之。