申請自建或自購住宅貸款利息補貼程序，規定如下：
一、經核定自建或自購住宅貸款利息補貼者（以下簡稱核定戶），應於直轄市、縣（市）主管機關核發自建或自購住宅貸款利息補貼證明之日起一年內，檢附自建或自購住宅貸款利息補貼證明，與承貸金融機構簽訂貸款契約。屆期未簽約者，以棄權論。貸款程序及貸款所需相關文件依各承貸金融機構規定辦理。
二、承貸金融機構於核撥貸款後，應將核定戶所持之自建或自購住宅貸款利息補貼證明正本收存備查。
三、承貸金融機構如依本辦法及因徵信、授信規定等因素駁回核定戶之申請時，應以書面敘明理由通知核定戶並副知該管直轄市、縣（市）主管機關。
核定戶之抵押擔保品，規定如下：
一、核定戶應以申請人為借款人，並以申請人持有或其與第二條第四項第二款至第四款家庭成員共同持有之住宅作為本貸款之抵押擔保品，且該住宅不得移轉予配偶或直系親屬以外之第三人。
二、以配偶或直系親屬持有之住宅辦理貸款者，原申請人應向原受理直轄市、縣（市）主管機關辦理申請人變更；申請人變更後仍應符合家庭成員不得擁有二戶以上住宅及不得重複接受二種以上住宅補貼之規定。
三、核定戶以配偶持有之住宅為抵押擔保品者，應檢具配偶間約定為共同財產之證明文件及住宅所有權人之同意書，向承貸金融機構辦理貸款，並不受第一款有關抵押擔保品應為申請人持有或其與第二條第四項第二款至第四款家庭成員共同持有規定之限制。
四、經直轄市、縣（市）主管機關事後辦理定期查核時，抵押擔保品未符第一款規定者，核定戶應於接獲定期查核結果通知後二個月內，依下列方式之一辦理：
（一）向原受理直轄市、縣（市）主管機關辦理申請人變更。
（二）將抵押擔保品產權移轉為原申請人全部或部分持有。
（三）向承貸金融機構補正配偶間約定為共同財產之證明文件及住宅所有權人同意書。
依前項第四款辦理者，經直轄市、縣（市）主管機關審查符合規定，得繼續受領利息補貼至補貼期間期滿；未符資格者，由直轄市、縣（市）主管機關自事實發生之日起撤銷或廢止原補貼之處分，其自事實發生之日起溢領之補貼，由承貸金融機構通知原核定戶限期返還。屆期未返還者，由直轄市、縣（市）主管機關追繳之。
核定戶應自與金融機構簽訂貸款契約日起二個月內完成撥款手續且不得分次撥貸。屆期未完成撥款手續者，以棄權論。
受補貼者應依約按月繳付貸款本息。