食品衛生處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於食品衛生法規、標準之研擬、修正及解釋事項。
(二) 關於食品中毒案件之處理事項。
(三) 關於殘留農藥案件之處理事項。
(四) 關於食品衛生安全檢舉案件之處理事項。
(五) 關於食品廣告宣導及其管理事項。
(六) 關於食品衛生資料之蒐集及研究事項。
(七) 關於國際食品衛生活動之處理事項。
(八) 關於新開發及非傳統食品之安全評估事項。
(九) 關於玩具衛生之管理事項。
(十) 其他有關食品安全事項。
二、第二科：
(一) 關於國產及輸入食品衛生之查驗、登記及管理事項。
(二) 關於食品添加物之查驗、登記及管理事項。
(三) 關於食品器具及容器包裝之查驗、登記及管理事項。
(四) 關於食品衛生之檢驗事項。
(五) 關於食品衛生標示及管理事項。
三、第三科：
(一) 關於食品業者、食品管理人員衛生之訓練、輔導及管理事項。
(二) 關於影響食品衛生安全事件之專案管理事項。
(三) 關於食品製造之衛生規範之研訂事項。
(四) 關於國產食品衛生之管理事項。
(五) 關於食品衛生教育及宣導事項。
(六) 關於肉品衛生之管理事項。
(七) 其他有關食品衛生之輔導事項。
四、第四科：
(一) 關於國民營養之調查、分析及研究事項。
(二) 關於國民營養之教育及宣導事項。
(三) 關於促進國民營養之規劃及督導事項。
(四) 關於特殊營養食品之管理事項。
(五) 關於營養有關法規之研擬、修正及解釋事項。
(六) 關於市售包裝食品營養標示制度之推動事項。
(七) 關於臺灣地區食品營養成分資料庫之建立事項。
(八) 其他有關國民營養相關事項。