營利事業依金融控股公司法第四十九條或企業併購法第四十五條規定，選擇以金融控股公司或併購後之母公司為納稅義務人合併申報營利事業所得稅者，其合併申報之基本所得額，為依所得稅法規定計算之合併課稅所得額，加計合併申報各公司依本條例第七條第一項各款規定之所得額後之合計數。
前項各公司選擇以金融控股公司或併購後之母公司為納稅義務人合併申報營利事業所得稅者，其依前項規定加計之本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款規定之所得額，於本條例施行後發生並經稽徵機關核定損失之減除，依下列規定辦理：
一、合併申報前，各公司依本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款規定加計之所得額，於本條例施行後發生並經稽徵機關核定尚未減除之損失，得自發生年度之次年度起五年內，按損失發生年度順序分別對應自各該公司當年度同條項第一款、第九款或第十款個別加計項目之所得額中減除，減除後之第一款、第九款或第十款個別加計項目之餘額為負數者，該負數不予計入。
二、自合併申報年度起，各公司依前項規定加計之本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款之各公司合計所得額，於本條例施行後發生並經稽徵機關核定之損失，得自發生年度之次年度起五年內，按損失發生年度順序分別對應自辦理合併申報之金融控股公司或併購後之母公司當年度同條項第一款、第九款或第十款個別加計項目之所得額中減除，減除後之第一款、第九款或第十款個別加計項目之餘額為負數者，該負數不予計入。
三、合併申報後，各公司因股權變動而採個別申報時，該個別申報公司，得將經稽徵機關核定尚未減除之前五年內各期合併之本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款個別加計項目之損失，逐年按該公司當期第一款、第九款或第十款個別加計項目損失額占合併申報各公司各該款損失額合計數之比例計算之金額，分別依本條例第七條第二項至第四項規定，自合併損失發生年度起五年內，按損失發生年度順序於個別申報公司之基本所得額中減除。合併申報之金融控股公司或併購後之母公司得就稽徵機關核定尚未減除之前五年內各期合併第一款、第九款或第十款個別加計項目損失額，減除上開個別申報公司依規定比例計算之金額後之餘額，按損失發生年度順序繼續依規定減除之。