主管機關或目的事業主管機關依本法規定規劃設置廢棄物清理設施時，其用地涉及都市計畫變更者，主管機關、目的事業主管機關應協調都市計畫主管機關，依都市計畫法第二十七條規定辦理變更；涉及非都市土地使用變更者，於報准徵收或撥用取得土地後，依法辦理變更編定。完成報編為廢棄物清理專區之土地，其屬公有者，得辦理撥用或出租、讓售與興辦人，不受土地法第二十五條規定之限制。

因天然災害、重大事故或其他急迫之情事，致現有廢棄物貯存、回收、清除、處理設施能量不足，而有污染環境或影響人體健康之虞時，中央主管機關應會同中央目的事業主管機關及有關機關，並報請行政院核准後，得指定廢棄物緊急清理之方法、設施、處所及其期限，不受第二十八條、第三十一條第一項第一款、第三十六條、第三十九條、第四十一條、水污染防治法第十三條、空氣污染防制法第二十四條、環境影響評估法第十六條、公司法第十五條、商業登記法第八條及都市計畫法、區域計畫法、促進產業升級條例有關土地使用管制規定之限制。