第二科掌理交通部鐵道局、交通部航港局等普通公務、交通部主管之航港建設基金、交通作業基金下設鐵道發展基金、臺鐵局撥入資產及債務管理基金、國營臺灣鐵路股份有限公司、臺灣港務股份有限公司、臺灣港務港勤股份有限公司、高雄港區土地開發股份有限公司及其轉投資事業等特種基金及財物報損報廢審計，辦理下列事項：
一、關於所管機關、基金及特別預算已核定之分配預算或分期實施計畫及收支估計表與各項支付法案之查核事項。
二、關於所管機關、基金及特別預算會計報告、半年結算報告、相關資訊檔案及經通知檢送原始憑證或有關資料之審（查）核事項。
三、關於所管機關、基金績效報告及內部審核報告之考核事項。
四、關於所管機關、基金財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案之調查事項。
五、關於所管機關、基金投資民營事業及公款補（捐）助團體或私人之應行審計事項。
六、關於所管機關、基金財產之取得、保管、使用、收益、處分及珍貴動產、不動產管理狀況之抽查事項。
七、關於所管機關、基金財務收支之抽查事項。
八、關於所管機關、基金決算及特別決算之審核及審定事項。
九、關於公有營業及公有事業審計之綜合業務事項。
十、關於所管機關、基金會計制度及有關內部審核規章之會商事項。
十一、關於所管機關、基金固定資產重估價有關紀錄之審核事項。
十二、關於所管機關、基金已屆保管年限之會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀或移交保管案件之核復事項。
十三、關於所管機關、基金經管現金、票據、證券、財物或其他資產之遺失、毀損，或因其他意外事故而致損失者暨財物報廢之審核事項。
十四、關於立、監兩院諮詢所管機關、基金財務及財物報損報廢審計案件之擬復事項。
十五、關於所管機關、基金函請解釋有關財務及財物報損報廢審計法令之擬辦事項。