本會設失事調查組、飛航安全組、調查實驗室、行政及法制組。

失事調查組掌理下列事項：
一、關於失事及重大意外事件之通報處理、調查、鑑定原因、與提出調查
報告及飛安改善建議事項；
二、關於失事及重大意外事件調查技術之研究發展事項；
三、關於調查技術資料之蒐集、保管及更新事項；
四、關於接受委託處理之非屬民用航空器失事及重大意外事件調查事項；
五、關於國內外失事調查組織之協調及聯繫事項；
六、其他有關航空器失事及重大意外事件調查事項。

飛航安全組掌理下列事項：
一、關於失事預防及飛安改善措施之研究發展事項；
二、關於飛安改善建議之追事項；
三、關於飛航安全之趨勢分析事項；
四、關於本會資訊系統之建立、維持及發展事項；
五、關於策劃及進行本會對外之宣導事項；
六、關於參與航空器失事及重大意外事件調查事項；
七、關於國內外飛航安全組織之協調及聯繫事項；
八、其他關於飛航安全事項。

調查實驗室掌理下列事項：
一、關於航空器失事及重大意外事件現場測量、飛航記錄器解讀及航機性
能分析事項；
二、關於飛航資訊整合與製作動畫事項；
三、關於調查工程技術之研究或專案委託其他機關 (構) 之推動與管理事
項；
四、關於接受國內外相關機關 (構) 委託進行之飛航記錄器解讀及分析工
作事項；其管理辦法另定之；
五、其他有關調查所需之工程技術支援事項。

行政及法制組掌理下列事項：
一、關於航空器失事及重大意外事件調查法令之研擬、修訂、擬釋及研究
事項；
二、關於本會行政規則之研擬、修訂及研究事項；
三、其他有關法制作業事項；
四、關於調查之行政支援事項；本會調查行政作業辦法另定之；
五、關於文書及檔案管理事項；
六、關於圖書管理事項；
七、關於出納管理事項；
八、關於財產、物品、車輛、辦公處所、安全、工友管理及其他有關事務
管理事項；
九、其他有關行政管理事項。

人事管理員掌理下列事項：
一、關於本會組織編制員額之擬辦事項；
二、關於本會人員任免、遷調、動態及銓審之擬辦事項；
三、關於本會人員考績、獎懲及考勤之擬辦事項；
四、關於本會人員保障、訓練、進修、研習及考察之擬辦事項；
五、關於本會人員退休、撫卹及資遣之核轉事項；
六、關於本會人員福利之規劃事項；
七、關於本會人員、退休人員及眷屬保險之擬辦事項；
八、關於本會人才儲備及人力規劃之擬辦事項；
九、關於本會人事資料之蒐集、管理及表報之編報事項；
十、其他有關人事管理事項。

會計員掌理下列事項：
一、關於本會概算、預算、決算之編製事項；
二、關於本會預算之分配及執行事項；
三、關於本會會計記錄登記及會計報告之編製事項；
四、關於本會付款憑單、傳票之編製、支票之會簽、庫存現金票據、有價
證券及銀行存款之查核事項；
五、關於本會原始憑證之整理、保管及送審事項；
六、關於本會內部審核工作之執行事項；
七、關於本會辦理政府採購法主管機關所定公告金額十分之一以上採購之
開標、比價、議價、決標及驗收之監辦事項；
八、關於本會統計資料之蒐集、整理、分析、供應及統計報告之編纂、管
理事項；
九、其他有關會計、歲計及統計事項。