各目的事業主管機關、地方政府、民間團體、學術或專業機構或個人，認特定水域範圍內列冊及管理之水下文化資產及其脈絡具第二條各款情形之一者，得向主管機關提出保護區劃設建議（以下簡稱劃設建議）。

主管機關應就劃設建議所備之書圖文件及其內容進行審查；內容不完備而可補正者，得請其補正。

審查通過者，主管機關得納入保護區建議名單或轉送審議會審議。

保護區劃設之範圍，主管機關除考量第二條各款之條件外，亦應斟酌該區域之可管理性，包括可及性、是否適於進行監測與執法等，並會商有關機關，依個案認定必要範圍後為之。

前項劃設範圍，涵蓋海域之水表、水體、海床及其底土，及內陸水域之水表、水體、水底及其底土之整體環境。

主管機關於保護區劃設作業審議前，應將擬劃設之保護區之草案相關文件公開展覽三十日，及在所在或鄰近行政轄區內召開公聽會或說明會，並將公開展覽、公聽會或說明會之日期及地點登載政府公報、新聞紙、專屬網頁、網際網路，或其他適當方式以廣泛周知；任何人民或團體得於公開展覽期間內，以書面載明姓名或名稱、地址、電話、電子郵件及具體意見，送主管機關參採。

前項公聽會或說明會，應於擬劃設之保護區劃設範圍所在或鄰近直轄市、縣（市）政府行政轄區內擇適當地點舉行至少一次；若劃設範圍涉及原住民族地區、離島地區者，應優先考量。

主管機關於第一項公聽會或說明會舉行前十四日，應將會議資料登載專屬網頁、網際網路，並通知相關目的事業主管機關、擬劃設之保護區所在或鄰近之直轄市、縣（市）政府，轉知利害關係人參加。

擬劃設之保護區所在或鄰近行政轄區之直轄市、縣（市）政府應配合並協助主管機關辦理公開展覽及公聽會或說明會。

主管機關辦理公聽會或說明會應作成會議紀錄，於三十日內將會議紀錄函送相關機關及人員，並登載於專屬網頁、網際網路。

參加人員對前項會議紀錄內容有意見者，得於紀錄公開後十日內提出。經主管機關認其意見有理由者，應於提出意見期間經過後十日內更正或補充原紀錄。

第一項期間於必要時得由主管機關延長之。

主管機關就前條所劃設之保護區，應辦理公告。

前項公告，應載明下列事項：

如公告前項第三款水下文化資產之確切位置，將造成水下文化資產之損害或有不利其保存、保護及管理之虞，得限制公開。

第一項公告，應揭示於主管機關公布欄三十日，並登載政府公報、新聞紙及專屬網頁、網際網路。同項第五款之文件得僅公告於專屬網頁、網際網路。