本處第一科、第二科、總務室、會計室、人事室。
秘書辦事之處所，稱秘書室。電腦作業之處所，稱電子資料處理組。
各科室掌理事項，依照各地區支付處組織通則及實際業務情況訂定之。

秘書室職掌如左：
一、關於文稿初核事項。
二、關於機要文件之登記處理事項。
三、關於計劃、管制、考核案件及工作報告之綜合處理彙編事項。
四、關於研究發展業務之綜合處理事項。
五、關於支票簽章機之管理與操作事項。

第一科職掌如左：
一、關於各機關分配預算及支付法案建檔之處理事項。
二、關於各項憑單之點收、檢查、編號、登記、分類之處理事項。
三、關於各機關簽證人員印鑑之保管、驗對、及更換之處理事項。
四、關於憑單之審核、記帳、餘額查對、覆核之處理事項。
五、關於各機關查詢支付業務之處理事項。

第二科職掌如左：
一、關於空白國庫支票之請領、保管、登記編報之處理事項。
二、關於國庫支票之簽開繕打封發事項。
三、關於國庫支票印鑑之送存更換事項。
四、關於已簽發國庫支票之附帶及特殊事件之處理事項。
五、關於兌訖國庫支票之保管及處理事項。
六、關於國庫支票誤付、重付、溢付之清理追查事項。
七、關於支付結算編報事項。

總務室職掌如左：
一、關於公文收發繕校及檔案管理事項。
二、關於印信典守事項。
三、關於本處經費之出納事項。
四、關於物品購置、財產管理、房屋修繕事項。
五、關於工役之管理事項。
六、關於庶務及不屬其他科室處理事項。

會計室職掌如左：
一、關於國庫集中支付會計之處理事項。
二、關於本處單位概 (預) 算擬訂、編審、分配及執行事項。
三、關於財務收支管理及各種憑證查核事項。
四、關於本處單位會計之處理事項。
五、關於統計編報事項。
六、關於主計人事之文件處理事項。

人事室職掌如左：
一、關於任免、訓練、遷調、俸給、送審及退休、撫卹案件之處理事項。
二、關於各項人事動態資料之建立、保管、填報、移轉事項。
三、關於分類職位之管理事項。
四、關於考績、考核之擬辦事項。
五、關于各類人事文件之處理事項。
六、其他有關人事查核事項。

電子資料處理組職掌如左：
一、關於採用電子計算機處理之業務系統規劃、設計事項。
二、關於已規劃設計妥善之系統內程式設計、撰寫、測試、說明事項。
三、關於系統設計完成後解釋說明辦理事項。
四、關於各項檔案管理事項。
五、關於機具租購、管理、維護事項。
六、關於各項資料處理事項。
七、關於機器處理會計資料之貯存體暨處理手冊之標註、擬定、保管事項
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