保稅工廠有下列各款情事之一者，由海關依關稅法第八十九條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其一個月以下原料保稅進口：
一、未依第四條第一項第三款規定，於廠區設有警衛室，並派員駐守，或物品出廠時未依第十七條第三項規定填具出廠放行單編列序號，或雖經編號，但無故缺號或遺失。
二、廠房設施違反第五條規定，或未依第十四條規定對原料及成品倉庫派員負責看管，或停工時未加鎖或連續停工十日以上未向海關申報。
三、未依第七條第二項或第三項規定辦理換照、印鑑變更登記。
四、未依第十條第一項、第四項及第七項規定期限將產品單位用料清表送監管海關備查，或違反第三十四條或第四十二條第一項第二款、第三款、第二項及第三項規定擅自放行出廠或出口。
五、未依第十條第六項規定編列不同料號或違反該項規定替代流用。
六、保稅原料及成品未依第十四條至第十六條規定入出庫，或未分類別，按序存放或未編號置卡。
七、保稅物品進出廠（倉），未依規定填載有關單證、紀錄卡、登記簿，或未於第十八條規定期限內登載有關帳冊。
八、對於應編製之報表資料等，未依第二十條第四項規定期限編製報送，或對於監管海關因監管或稽核所需之各種表報資料或通知應辦理或改進之事項，未依限辦理。
九、違反第二十二條規定，保稅工廠保稅業務人員人數不足或資格不符。
十、違反第二十三條規定，未經監管海關核准辦理受託加工業務。
十一、違反第二十四條第一項規定，未經監管海關核准辦理檢驗、測試、修理、維護業務或安裝作業軟體。
十二、違反第二十七條之一第一項規定，未經監管海關核准辦理生產非保稅產品業務。
十三、對於進口成品貨樣，未依第三十條之一第二項規定列帳控管，或將貨樣剪裂、破壞。
十四、違反第三十三條第一項或第三十三條之一第一項規定，未於報單中敘明改變原用途之原因，將自用機器、設備報關運出保稅工廠。
十五、違反第四十條第四項規定，未經監管海關核准辦理進口原料內銷。
十六、對於監管海關核准免派員監毀案件，未依第四十四條第五項規定期限，於報廢清冊加註銷毀日期、地點、銷毀方式及清運出廠目的地送監管海關核備，或未檢附銷毀後貨物圖片及其他有關證明文件。
十七、違反第四十六條第一項至第三項、第四十七條第一項、第四項及第五項、第四十八條及第五十條第一項規定，未經監管海關核准辦理保稅物品廠外加工、測試、檢驗、核樣、修理、維護或展列等業務。