各機關所管特種基金，如因性質相同或業務單純，主管機關應檢討合併，並報請行政院核准後辦理合併事宜；必要時，行政院得逕行要求主管機關辦理合併事宜。但信託基金依其所定條件辦理合併者，無須報請行政院核准。

各特種基金因情勢變更，或執行績效不彰，或基金設置之目的業已完成，或設立之期限屆滿時，主管機關應報請行政院核准後辦理裁撤事宜；必要時，行政院得逕行要求主管機關辦理裁撤事宜。但信託基金依其所定條件辦理裁撤者，無須報請行政院核准。

特種基金裁撤後，其餘存權益應歸屬中央政府。但信託基金裁撤後，其餘存權益應依所定條件辦理。