憑證機構違反第十二條第一項前段規定，憑證實務作業基準未經主管機關許可而提供簽發憑證服務者，主管機關應令其限期改正，並得處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰；屆期未改正者，按次處罰；其情節重大者，並得停止其一部或全部業務。

憑證機構有下列情形之一者，主管機關應令其限期改正，並得處新臺幣五萬元以上五十萬元以下罰鍰；屆期未改正者，按次處罰：

一、未依許可之憑證實務作業基準提供服務。

二、違反第十二條第一項後段規定，變更憑證實務作業基準未送許可，而依變更後之內容提供簽發憑證服務。

憑證機構有下列情形之一者，主管機關應令其限期改正，並得處新臺幣二萬元以上二十萬元以下罰鍰；屆期未改正者，按次處罰：

一、違反第十二條第二項規定，未於其機構網站公布經許可或許可變更之憑證實務作業基準。

二、違反第十三條第一項第一款、第三款或第四款規定，終止服務前未依限通報、未依限通知或未移交。