綜合所得稅納稅義務人應向其申報時戶籍所在地之稽徵機關辦理申報；營利事業應向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。

營利事業之總機構在中華民國境內，並在中華民國境內設有其他固定營業場所者，應由該營利事業之總機構向其申報時登記地之稽徵機關合併辦理申報。總機構在中華民國境外，而有固定營業場所在中華民國境內者，應由其固定營業場所分別向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。

國外營利事業在中華民國境內無固定營業場所而有營業代理人者，營業代理人應向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。

公司組織之營利事業依本法第六十七條第三項規定試算前半年營利事業所得額時，其依本法規定以全年為基礎得減除之費用或損失，應按半數減除。

本法第六十七條第三項暫繳稅額之計算，應依本法第四十條規定辦理。

本法所稱小規模營利事業，指規模狹小，交易零星，每月銷售額未達使用統一發票標準而按查定課徵營業稅之營利事業。

本法第六十九條第四款所稱依本法或其他有關法律規定免徵營利事業所得稅者，指依本法第四條第一項第十三款、第十四款及第十九款規定免納所得稅之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其附屬作業組織、依法經營不對外營業之消費合作社、公有事業及依廢止前促進產業升級條例第九條、第九條之二、第十條、第十五條、第七十條之一、科學工業園區設置管理條例第十八條、獎勵民間參與交通建設條例第二十八條、促進民間參與公共建設法第三十六條、企業併購法第四十二條、第四十四條、國際金融業務條例第十三條、第二十二條之七第一項、第二十二條之十六第一項、國際機場園區發展條例第三十五條、自由貿易港區設置管理條例第二十九條、產業創新條例第二十三條之一及其他法律規定全部所得額免徵營利事業所得稅之營利事業。

依本法第七十一條之一第一項及第二項規定，應使用結算申報書，準用本法第七十七條綜合所得稅結算申報書之規定。

依本法第七十一條之一第三項規定應使用之結算申報書，其屬對外營業之作業組織所使用者，準用本法第七十七條關於營利事業所得稅結算申報書之規定；其屬非營利團體及其對外無營業行為之作業組織所使用者，由財政部另訂之。

納稅義務人依本法第七十二條第二項規定委託代理人代為申報納稅者，應由代理人出具承諾書，送請該管稽徵機關核准後，依本法代委託人負責履行申報納稅義務。

非中華民國境內居住之個人或在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之營利事業，如有非屬本法第八十八條規定扣繳範圍之所得，並無法自行辦理申報者，應報經稽徵機關核准，委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，負責代理申報納稅。

本法第七十三條第一項所稱「如有非屬本法第八十八條扣繳範圍之所得」，指有本法第八條所規定之中華民國境內來源所得，及依本法第二條第二項規定，應分別就源扣繳應納稅額，但未列入本法第八十八條扣繳範圍；或雖已列入扣繳所得範圍，但因未達起扣額，或本法第八十九條未規定扣繳義務人者而言；所稱「依規定稅率納稅」，指非中華民國境內居住之個人，有非扣繳範圍之所得，並於該年度所得稅申報期限開始前離境時，應依當年度所適用同類扣繳所得之扣繳率，其未規定扣繳率者，準用同類之扣繳率申報納稅；所稱「應於申報期限內依有關規定申報納稅」，指納稅義務人在該年度依本法第七十一條及第七十二條規定之所得稅申報期限內尚未離境者，其所得應適用上列規定之扣繳率申報納稅。

國際金融業務分行，其總機構在中華民國境內者，除應依本法第七十三條之一規定申報納稅外，該分行之其餘所得應由其總機構依本法第三條第二項規定，合併辦理結算申報，並依本法、國際金融業務條例及所得基本稅額條例規定徵免營利事業所得稅。

國際金融業務分行、國際證券業務分公司或國際保險業務分公司與同址營業之機構共同負擔之費用，應由國際金融業務分行、國際證券業務分公司或國際保險業務分公司於開始營業之日起三個月內擬具分攤辦法報請該管稽徵機關核備。

清算所得之計算如下：

前項存貨變現成本之計算準用第三十一條有關銷貨成本計算之規定。

納稅義務人依本法第七十九條第一項規定補辦結算申報者，仍應依本法第七十六條第一項規定檢附有關書表單據；其依本法第一百零八條規定應加徵之滯報金或怠報金，由稽徵機關依本法第一百十六條第一項規定，填發核定通知書載明事實及依據，通知納稅義務人。

營利事業依本法第一百零二條之三第二項規定補辦未分配盈餘申報者，仍應依本法第一百零二條之二第四項規定檢附有關書表單據；其依本法第一百零八條之一規定應加徵之滯報金或怠報金，由稽徵機關依本法第一百十六條第一項規定，填發核定通知書載明事實及依據，通知營利事業。

本法第八十三條所稱之帳簿文據，其關係所得額之一部或關係課稅年度中某一期間之所得額，而納稅義務人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查得資料或同業利潤標準核定其所得額。

本法第八十三條所稱之帳簿文據，其關係未分配盈餘之一部，而納稅義務人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查得資料核定其未分配盈餘。

本法第八十八條第一項所稱給付時，指實際給付、轉帳給付或匯撥給付之時。

公司之應付股利，於股東會決議分配盈餘之日起，六個月內尚未給付者，視同給付；應付之現金股利，由董事會依法決議發放者，於董事會決議分配盈餘之日起，六個月內尚未給付者，亦同。

依本法第八十八條應扣繳所得稅款之各類所得，如有依本法第四條第一項各款規定免納所得稅者，應免予扣繳。但採定額免稅者，其超過起扣點部分仍應扣繳。

銀行業貸放款之利息所得及營利事業依法開立統一發票之佣金、租賃及權利金收入，均免予扣繳。

信託行為之受託人以信託財產投資於營利事業者，該營利事業應以受託人為納稅義務人，依本法第一百零二條之一第一項規定填發股利憑單。

前項受託人應將獲配之股利或盈餘，依本法第三條之四第一項規定計算受益人之所得額，於本法第九十二條之一規定期限內，填發股利憑單予受益人；受益人有二人以上者，受託人應依本法第三條之四第二項規定之比例計算各受益人之所得額。

前項受益人為非中華民國境內居住之個人或總機構在中華民國境外之營利事業者，受託人應就前項所得額，依本法第八十九條之一第三項規定辦理扣繳，並依本法第九十二條之一規定填發扣繳憑單，免填發股利憑單。

本法第三條之四第六項規定之信託基金，其受託人應將扣繳義務人依本法第八十九條之一第一項規定扣繳之稅款，按所得類別分別計入受益人已扣繳稅款帳戶。

前項信託基金，受託人實際分配信託利益時，應以分配時各類所得之受益人已扣繳稅款帳戶餘額，占各該類所得累積未分配餘額之比率，按本次分配予各受益人之各該類所得額，分別計算各受益人得享有之各類所得已扣繳稅款。其計算公式如下：

受託人應按所得類別，將其依前項規定計算本次分配予受益人之已扣繳稅款，自各該類所得之受益人已扣繳稅款帳戶餘額中減除。

第二項信託基金之受託人於中華民國一百零七年一月一日以後實際分配之信託利益，屬所投資國內公司、合作社及其他法人分配之股利或盈餘者，受益人應依第十條之三規定辦理。

扣繳義務人依本法第九十二條第一項規定填報扣繳憑單，應將所得人姓名或名稱、住址、統一編號、所得年度、給付總額、扣繳稅額等，依規定格式詳實填列。

受託人依本法第九十二條之一規定填報扣繳憑單或免扣繳憑單及相關憑單，應將所得人姓名或名稱、住址、統一編號、所得年度、給付總額或扣繳稅額等，依規定格式詳實填列。

前項規定所稱給付總額，指受託人依本法第三條之四規定計算或分配予受益人之所得額。

營利事業依本法第一百零二條之一第一項規定填報股利憑單，應將所得人姓名或名稱、住址、統一編號、所得給付年度、所得所屬年度、股利或盈餘金額等，依規定格式詳實填列。