重要濕地保育利用計畫之擬訂及核定程序如下；其變更及廢止，亦同。

一、國際級：由中央主管機關擬訂，報行政院核定。

二、國家級：由中央主管機關訂定。必要時，得委由直轄市、縣（市）主管機關擬訂，報中央主管機關定之。

三、地方級：由直轄市、縣（市）主管機關擬訂，報中央主管機關核定。

四、地方級重要濕地範圍跨直轄市、縣（市）轄區者，由各該直轄市、縣（市）主管機關協商擬訂，報中央主管機關核定；必要時，由中央主管機關協調各相關直轄市、縣（市）主管機關共同擬訂或指定由其中一直轄市、縣（市）主管機關擬訂，報中央主管機關核定。

一、計畫範圍及計畫年期。

二、上位及相關綱領、計畫之指導事項。

三、當地社會、經濟之調查及分析。

四、水資源系統、生態資源與環境之基礎調查及分析。

五、土地及建築使用現況。

六、具重要科學研究、文化資產、生態及環境價值之應優先保護區域。

七、濕地系統功能分區及其保育、復育、限制或禁止行為、維護管理之規定或措施。

八、允許明智利用項目及管理規定。

九、水資源保護及利用管理計畫。

十、緊急應變及恢復措施。

十一、財務與實施計畫。

十二、其他相關事項。

一、核心保育區：為保護濕地重要生態，以容許生態保護及研究使用為限。

二、生態復育區：為復育遭受破壞區域，以容許生態復育及研究使用為限。

三、環境教育區：為推動濕地環境教育，供環境展示解說使用及設置必要設施。

四、管理服務區：供濕地管理相關使用及設置必要設施。

五、其他分區：其他供符合明智利用原則之使用。

重要濕地保育利用計畫經核定後，主管機關應自收受核定公文之日起算三十日內，將計畫書圖公告，並登載於政府公報及新聞紙，並以專屬網頁、網際網路或其他適當方法廣泛周知。

重要濕地保育利用計畫公告實施後，主管機關應每五年至少檢討一次。