本辦法所定農業損失，包括農作物、畜禽、林業、養殖漁業及在港漁船（筏）損失，損失金額查報之估算方式如下：
一、農作物損失估算：短期作物在當期作尚能復耕或轉作且可以收穫者，其損失金額以生產總費用之百分之五十計算；如在當期作無法復耕或轉作者，以生產總費用扣除採收工資計算；長期作物受災時並無收穫物者，其損失金額以成園費計算；受災時有收穫物或當年可收穫者，以生產總費用扣除採收工資計算。
二、畜禽損失估算：成畜禽損失以受災時該畜禽之生產總費用計算；幼畜禽損失以受災時之育成成本或產地農民購入價格計算。
三、林業損失估算：林木損失以造林成本或林木損失材積乘以當地當期山價計算；苗圃及撫育中幼齡造林木損失均以復耕成本計算；竹林損失以竹材損失支數乘以當地當期山價計算；林下經濟核准經營項目，以生產總費用扣除採收工資計算。
四、養殖漁業損失估算：養殖漁業中已達收穫期者，各養殖水產物每公頃或每一千立方公尺網具水體損失以生產量乘以平均估算價；未達收穫期一半者，折半估算；魚苗生產損失則以已達收穫期之損失計算。
五、在港漁船（筏）損失估算：漁船（筏）因漂流木或颱風警報警戒區域內八級以上陣風造成毀損，無法修復經解體保留汰建資格者，以全毀計；船體、船艙浸水或主機或螺旋槳毀損者，以半毀計。
中華民國一百十二年十一月八日修正發布之前項第五款規定，適用於一百十二年七月二十四日以後發生之天然災害。