海關辦理人工查驗，得視貨物進口人、報關業者、起運口岸、生產國別、貨物特性、稅則號別及輸出入規定等因素決定以簡易查驗、一般查驗或詳細查驗之方式為之，並得由海關之電腦系統或派驗報單主管人員決定指櫃、指位或查驗件數。

海關辦理儀器查驗得由海關之電腦系統或派驗報單主管人員決定指櫃查驗。

進口貨物於查驗時，未發現有短裝情事，收貨人如獲悉有部分短裝者，得於提領出倉前，向海關申請複驗。

未查驗之進口貨物於完稅提領出倉後，始發現短裝者，收貨人應於貨物提領出倉之翌日起一個月內，檢具有關證明文件如公證報告、發貨人證明函電等向海關申請核辦，經查明屬實者，得對補運進口之短裝部分，免予課徵關稅。如係機器設備，得於安裝就緒，試車之翌日起三個月內申請核辦。

海關管理保稅工廠進口保稅原料，有短裝、溢裝情事，依下列方式處理：

加工出口區、科學工業園區、農業科技園區、自由貿易港區之區內事業、保稅倉庫及物流中心進口保稅物品，有短裝、溢裝情事者，準用前項規定辦理。

進口危險品、氣體、易受污染變質或受損之貨物，進口人應於海關查驗貨物前，提供貨物之毒性、易燃性、易爆性、化合性、氣體壓力或其他特性等查驗應注意事項，以書面向海關說明。

前項貨物，經查驗單位認定貨物包裝本體如經開啟，確有發生危害或致使貨物受損或受汙染變質之虞，且貨物為原製造廠原封者，得免開啟查驗。

核定人工查驗之進口貨物，報關人應自報關之翌日起十日內；快遞貨物應自報關之翌日起三日內申請並會同海關查驗，屆期仍未申請查驗或申請展延查驗期限者，應由海關書面通知倉庫管理人預定會同查驗時間，並副知報關人或納稅義務人。

前項倉庫管理人會同查驗時，應配合辦理代辦貨物之搬移、拆包或開箱及恢復原狀等事項，並在報單背面簽署有關破損或數量、重量不符，或有其他虛報情事等查驗結果。

核定儀器查驗之進口貨物，報關人應自海關電腦發送儀器查驗訊息通知之翌日起十日內申請查驗，屆期仍未申請查驗或申請展延查驗期限者，應由海關書面通知倉庫管理人預定查驗時間，並副知報關人或納稅義務人。

前項倉庫管理人應配合將進口貨物運送至海關儀檢站受檢。

查驗過程中如發現影像異常，準用第十三條第三項及第二十六條第二項規定。