本法所定海洋保護區之類型，包括下列地區之海域或該海域與其毗連之陸域：

中央主管機關得認定海洋保護區以外其他有效保育措施之區域；其認定標準，由中央主管機關定之。

中央主管機關應會同各中央目的事業主管機關訂定整體海洋保護區管理政策方針，報請行政院核定後實施；其變更時，亦同。

前項整體海洋保護區管理政策方針內容，應包括下列事項：

第一項整體海洋保護區管理政策方針實施後，中央主管機關應每五年至少檢討一次。

依其他法律規定劃設之海洋保護區，其保護區名稱、內容、劃設程序、辦理機關及管理事項從其規定，納入整體海洋保護區管理政策方針之一部。

整體海洋保護區管理政策方針涉及相關機關執行有疑義時，得由中央主管機關協調；協調不成者，報請行政院決定之。

中央主管機關得就海洋生態系統有特別保護必要，且未經其他主管機關劃設為海洋保護區者，劃定為海洋庇護區。

中央主管機關為辦理前項業務，應設審議會，由專家學者、原住民、漁民團體、保育團體等民間團體及有關機關代表組成，其中不具官方身分之代表人數不得少於委員總人數二分之一，原住民及漁民團體之代表總人數，不得少於委員總人數三分之一。

審議會之決議，以委員過半數之出席，出席委員超過三分之二同意行之。

海洋庇護區之核心區劃定，致該區域之既有使用人遭受特別犧牲之損失者，應予補償。

第一項海洋庇護區之劃定基準、變更、廢止程序、第二項審議會之設置、組成、運作與前項補償之條件、基準及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

中央主管機關劃定海洋庇護區後，應會商有關機關，擬訂海洋庇護區保育計畫，並公開展覽三十日及舉行公聽會；其變更或廢止時，亦同。

前項公開展覽與公聽會之日期及地點，應登載於政府公報、新聞紙、網際網路或以其他適當方法廣泛周知。人民、法人或團體得於公開展覽期間內，以書面載明姓名或名稱及地址，向中央主管機關提出意見。

中央主管機關應於公告實施海洋庇護區保育計畫後，將計畫登載於政府公報、新聞紙、網際網路或以其他適當方法廣泛周知。

任何人及海陸域交通工具禁止進入海洋庇護區之核心區。但有下列情形之一者，不在此限：

前項第四款申請同意之程序、應檢附文件、審議作業、廢止同意及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會商有關機關定之。

海洋庇護區之緩衝區內，非經中央主管機關許可，禁止從事下列行為。但符合前條第一項但書第一款或第二款情形者，不在此限：

從事前項第一款或第二款行為，符合中央主管機關公告之一定種類、數量、方式、範圍或期間等條件者，免申請許可。