本所設檢疫組、港區衛生管理組、疫情組、秘書室、人事室、會計室及基
隆、台北、高雄第一、高雄第二、台中、花蓮、蘇澳七個檢疫分所，另設
北區、中區、南區、東區四個疫病監視中心，各組、室、分所、中心職掌
事項依照行政院衛生署檢疫總所組織條例及實際業務情況訂定之。

檢疫組職掌如左：
一、關於進出口物品檢疫業務規劃事項。
二、關於進出口船舶、航空器及其工作人員、旅客等檢疫業務規劃事項。
三、關於國際預防接種業務規劃、委託、辦理及證書簽發等事項。
四、關於船舶、航空器工作人員及旅客醫療急救業務之規劃事項。
五、關於各檢疫分所檢疫業務之規劃、推展、督導及管理事項。
六、關於檢疫人員訓練事項。
七、關於檢疫藥品、器材之籌劃事項。
八、關於檢疫業務資料之建立、編報、統計事項。
九、關於檢疫業務之研究發展事項。
十、關於上級交辦事項。

港區衛生管理組職掌如左：
一、關於港區、航空站、航空器、船舶、貨櫃、貨物、倉庫等滅鼠 滅蟲
及蒸燻消毒業務之規劃事項。
二、關於港區、航空站、航空器、船舶等飲水、倉品、器具之衛生管理規
劃事項。
三、關於港區、航空站病媒調查及管制事項。
四、關於檢疫之檢驗事項。
五、關於各檢疫分所港區衛生管理業務之規劃、推展、督導及管理事項。
六、關於蒸燻、病媒、檢驗人員之訓練事項。
七、關於蒸燻、衛生、檢驗業務藥品器材之籌劃事項。
八、關於蒸燻、衛生、檢驗業務資料之建立、編報、統計事項。
九、關於上級交辦事項。

疫情組職掌如左：
一、關於國內疫情之調查、協調處理及研究事項。
二、關於支援地方衛生機關辦理傳染病防治事項。
三、關於防疫藥品及器材之儲備支援、供應使用規劃事項。
四、關於突發不明原因疫病之應變、調查及處理事項。
五、關於督導各疫病監視中心辦理有關傳染病偵測事項。
六、關於疫情報告系統之研究規劃、及建議事項。
七、關於國內疫情之蒐集、統計、分析、研判及報告事項。
八、關於國際疫情資料之蒐集、交換、調查及報告事項。
九、關於國際疫病流行之研究事項。
十、關於國內外疫情資訊之諮詢提供事項。
十一、關於疫情監視、處理人員之訓練事項。
十二、關於上級交辦事項。

會計室職掌如左：
一、關於歲入、歲出概算預算之籌編、審議、核計、整理、彙編事項。
二、關於分配預算之編報事項。
三、關於單位預算以外之補助經費、專案經費、代辦經費預算會審處理事
項。
四、關於申請動支預備金之核簽編報事項。
五、關於收支法案之審議核簽事項。
六、關於實施內部審核之事前事後財務審核、工作審核事項。
七、關於招標比價或議價之監辦事項。
八、關於財物之驗收驗交之監辦事項。
九、關於員工待遇各項補助費、互助費案件之會核事項。
十、關於所屬各分所各項經費之核簽、報支憑證案件之審核、款項收支之
處理事項。
十一、關於付款憑單、轉帳憑單、支出收回書或收支及轉帳傳票之編製事
項。
十二、關於序時帳簿、明細帳簿、總分類帳簿、統計帳、補助帳、備查簿
等登記結算及整理事項。
十三、關於會計報告之編報事項。
十四、關於決算之編製事項。
十五、關於原始憑證之整理編號報請審計機關或有關機關核銷事項。
十六、關於歲出應付款之保留申請核辦事項。
十七、關於經費流用之處理事項。
十八、關於憑證報表帳簿之整理保管事項。
十九、關於統計業務工作計劃之擬訂。
二十、公務統計之推行及編報分析事項。
二十一、關於資料之管理、提供、會核、建檔、圖表之設計及電腦化處理
等有關事項。
二十二、會計人員管理事項。
二十三、其他有關歲計、會計、統計交辦事項。

秘書室職掌如左：
一、關於事務性工作計畫及工作報告之研議事項。
二、關於印信典守事項。
三、關於財產之購置、廳舍營繕及物品器材之採購事項。
四、關於財產文具物品之管理事項。
五、關於文書之收發、分辦、繕校、及檔案管理事項。
六、關於員工薪津之發放事項。
七、關於員工交通費、實物配給核發事項。
八、關於現金出納、登帳、填開支票事項。
九、關於公、勞保、福利互助、所得稅之扣繳事項。
十、關於技工、工友之管理事項。
十一、關於車輛調派管理事項。
十二、關於勞工保險之核辦事項。
十三、關於辦公廳舍環境衛生之維護事項。
十四、督導各分所、疫病監視中心有關事務性工作事項。
十五、其他交辦事項。

人事室職掌如左：
甲 人事管理：
一、關於人事規章之研擬事項。
二、關於組織編制及權責與職掌劃分之研擬事項。
三、關於任免、遷調、銓審、動態登記、考績 (成) 、獎懲 (懲戒) 及級
俸之研擬事項。
四、關於分層負責逐級授權之研擬事項。
五、關於公務人力規劃事項。
六、關於工作簡化之推行及督導事項。
七、關於專長審評及人才培育事項。
八、關於人事業務研究發展事項。
九、關於職名章之核發事項。
十、關於經管財務人員保證事項。
十一、關於員額設置標準之研擬事項。
十二、關於福利待遇、保險、退休 (資遣) 及撫卹之研擬事項。
十三、關於差假勤惰管理事項。
十四、關於進修、訓練之研擬事項。
十五、關於人事年度工作計畫及年度工作績效檢討報告事項。
十六、關於人事表報之編報、資料登記、管理、轉移事項。
十七、關於人事革新措施及員工康樂、自強活動計畫之研擬事項。
十八、關於服務獎章申請審核事項。
十九、關於 國父紀念月會、員工慶生會之召開事項。
二十、關於上級交辦事項。
乙 人事查核：
一、關於員工保防教育之推行事項。
二、關於員工忠誠調查事項。
三、關於安全防護事項。
四、關於公務機密維護事項。
五、關於政風調查事項。
六、其他有關人事查核及臨時交辦事項。

檢疫分所業務職掌如左：
一、關於航空器、船舶、人員、物品檢疫事項。
二、關於染疫或有染疫嫌疑船舶、航空器、人員之隔離、留驗及消毒事項
。
三、關於港區工作人員、旅客之醫療急救事項。
四、關於船舶、航空器、貨櫃之蒸燻消毒事項。
五、關於船舶、航空器衛生管理事項。
六、關於船舶無線電檢疫事項。
七、關於進口水產品留驗、投藥等檢疫事項。
八、關於進口水產品檢疫申請案件審核、登記事項。
九、關於旅客航空器工作人員隨身攜帶入境水產品處理事項。
十、關於各種檢體採驗、整理、送驗及登記事項。
十一、關於染疫水產品處理及銷燬事項。
十二、關於國際預防接種簽證事項。
十三、關於各種疫苗之儲存、統計事項。
十四、關於進出口靈柩、屍體、骨灰查驗、簽證事項。
十五、關於港區蟲媒調查、管制及環境衛生管理事項。
十六、關於各項檢疫憑證簽發事項。
十七、關於各項檢疫資料整理、統計及表報製作報告事項。
十八、關於各項檢疫規費徵收事項。
十九、關於國內外疫情蒐集與報告事項。
二十、關於聯檢中心有關業務協調事項。
二十一、關於其他內部行政事務之處理及上級臨時交辦事項。

疫病監視中心 (含花蓮檢疫分所) 業務職掌如左：
一、關於傳染病疫情之監視、蒐集、交換、調查、處理及報告事項。
二、關於突發不明原因疫病之應變及處理事項。
三、關於支援地方衛生機關辦理傳染病防治事項。
四、關於預防傳染病所需各種藥品器材之儲備管理事項。
五、關於協助地方衛生機關推行衛生教育及衛生改善事項。
六、關於其他內部行政事務之處理及上級臨時交辦事項。