利用市場實際交易價格調整藥品支付價格之處理原則如下：
一、調整時程：主成分於專利期內、專利權逾期五年以上及無專利權之藥品，每兩年調整一次。
二、藥品分組分類
（一）同核價成分、同核價劑型、同規格量藥品歸為同分組。
（二）同分組藥品依專利與否分為二大類：
1.專利期內藥品。
2.逾（無）專利藥品，再分為下列二類：第一類包含原開發廠藥品、符合PIC/SGMP之藥品、BA/BE學名藥品、BE學名藥品之對照品；第二類為非屬第一類之一般學名藥品。
三、藥品支付價格之調整：
（一）計算調整期間：自最近一次支付價格調整生效日起至調查截止日止。
（二）專利期內藥品調整方式：
1.個別藥品之市場加權平均價格大於等於調整前支付價格乘以 0.85者，不予調整；個別藥品之市場加權平均價格小於調整前支付價格乘以0.85者，調整其支付價格為「調整前支付價格」乘以0.15加其「市場加權平均價格」。藥價調整公式：
（1）WAP≧（1-R）×Pold ：不予調整
（2）WAP＜（1-R）×Pold ：依下列公式調整
Pnew=WAP+Pold×R
Pnew：新藥價
WAP ：藥價調查申報之個別藥品市場加權平均價格
Pold：調整前支付價格
R ：15％
2.設定調整下限價：錠劑或膠囊劑最低調降至 1 元；口服液劑最低調降至25元；100～500mL（不含）輸注液最低調降至22元；500mL（含）以上大型輸注液最低調降至25元；其他注射劑最低調降至 15 元。以上不含健保代碼末二碼為 99 者。
3.設定最大調降幅度為百分之四十。
4.設定同分組最低價：經上述公式調整後，同分組品項之最低價不得低於同分組品項最高價之0.7倍（不含）；低於最高價0.7倍（不含）之品項，其健保支付價格依最高價之0.7倍調整，惟調整後之新藥價不高於調整前支付價格。
5.新收載之品項：指收載生效日期距調查期限六個月以內且符合下列要件之品項。其價格調整於次一年依上述調整公式計算之。
（1）新收載之新藥且無銷售紀錄之藥品品項。
（2）經主管機關核准通過生體相等性試驗（BE）重新建議核價之品項。
（三）逾（無）專利期藥品調整方式：
1.設定暫調價格：
（1）依其「同分組分類藥品之加權平均價格（以下稱 GWAP）」 為目標值。第二類藥品之目標值應以第一類藥品之目標值為上限。
（2）個別藥品市場加權平均價格（WAP） 高於或等於目標值之 1.05倍者，以目標值之1.05倍為暫調價格；個別藥品WAP低於目標值之1.05倍者，以WAP為暫調價格，並以目標值之0.9倍為下限。但暫調價格不得高於調整前支付價格。
2.設定最大調降幅度：暫調價格與調整前支付價格比較，二者差距之百分比，稱為調幅；依調幅範圍，設定最大調降幅度如下：
（1）調幅於 15 ％（含）以下：不予調整。
（2）調幅介於 15 ％（不含）至 20 ％（含）：最大調降幅度 2.5％。
（3）調幅介於 20 ％（不含）至 25 ％（含）：最大調降幅度 7.5％。
（4）調幅介於 25 ％（不含）至 30 ％（含）：最大調降幅度 12.5％。
（5）調幅介於 30 ％（不含）至 35 ％（含）：最大調降幅度 17.5％。
（6）調幅介於 35 ％（不含）至 40 ％（含）：最大調降幅度 22.5％。
（7）調幅介於 40 ％（不含）至 45 ％（含）：最大調降幅度 27.5％。
（8）調幅介於 45 ％（不含）至 50 ％（含）：最大調降幅度 32.5％。
（9）調幅介於 50 ％（不含）至 55 ％（含）：最大調降幅度 37.5％。
（10）調幅介於 55 ％（不含）以上：最大調降幅度 40 ％。
3.以調幅減百分之十五及最大調降幅度取低者，予以核算調整後支付價格，並以調整前支付價格為上限。
4.設定調整下限價：錠劑或膠囊劑最低調降至 1 元；口服液劑最低調降至25元；100～500mL（不含）輸注液最低調降至22元；500mL（含）以上大型輸注液最低調降至25元；其他注射劑最低調降至 15 元。以上不含健保代碼末二碼為 99 者。
（四）專利期內藥品無 WAP，或逾（無）專利期藥品無 GWAP 之調整：
1.單方及含二或三個主成分之複方：依同核價成分藥品之平均調幅調整，若無同核價成分藥品之平均調幅，則以同藥理分類（ATC前五碼相同）藥品之平均調幅調整，若無同藥理分類藥品之平均調幅，則以單方及含二或三個主成分之複方之平均調幅調整。
2.含四個主成分以上之複方：依含四個主成分以上之複方之平均調幅調整。
3.設定調整下限價：錠劑或膠囊劑最低調降至 1 元；口服液劑最低調降至25元；100～500mL（不含）輸注液最低調降至22元；500mL（含）以上大型輸注液最低調降至25元；其他注射劑最低調降至 15 元。以上不含健保代碼末二碼為 99 者。
（五）同分組、同廠牌品項之調整：
1.專利期內藥品：同分組、同廠牌及同品質條件藥品有二個品項（含）以上者，以最低價調整。
2.逾（無）專利期藥品：同分組、同廠牌、同分類及同品質條件藥品有二個品項（含）以上者，以最低價調整。
（六）藥價調整後，同分組品項之最低價不得低於同分組品項最高價之 0.6倍（不含）；低於最高價0.6倍（不含）之品項，其健保支付價格依最高價之0.6倍調整；惟不得高於調整前支付價之二倍（含），本規定不適用指示用藥。
（七）調整後同廠牌之同成分、劑型藥品，低規格量藥品支付價格不高於高規格量藥品支付價格。高低規格量品項之調整如下：
1.同成分劑型以各規格同分組之最近一年醫令申報量最高之規格量為常用規格量，以該常用規格量之品項調整後藥價為基準價。
2.各廠牌同成分之錠劑及膠囊劑，低規格量品項之藥價不高於該基準價，高規格量品項之藥價不低於該基準價。
3.非屬錠劑及膠囊劑且屬同許可證之品項，其低規格量品項之藥價不高於該基準價，高規格量品項之藥價不低於該基準價。
4.若無常用規格量者，低規格量品項之藥價不高於高規格量品項之藥價。
5.同分組藥品經高低規格量品項之調整後，其無銷售量之品項，以同分組分類其他有銷售量品項之最高價為上限。
（八）經保險人核定屬標準包裝之口服錠劑、口服膠囊劑（健保代碼末三碼為1G0）者，以 1.5 元為最低價，本規定不適用指示用藥。
（九）符合 PIC/S GMP 藥品之最低價：錠劑或膠囊劑為 1.5 元（倘同時具標準包裝者為2元）、口服液劑為25元、100～500mL（不含）輸注液為22元、500mL（含）以上大型輸注液為25元、其他注射劑為15元。以上不適用於健保代碼末二碼為99者及指示用藥。
（十）供醫事服務機構申報屬大包裝品項之最小單位（健保代碼末二碼為99者）：以同許可證各規格調整後之最小單位之單價最低者調整。
（十一）調整後之新藥價，學名藥品之藥價，不得高於原開發廠藥品之藥價，標準包裝及符合 PIC/S GMP 之藥品不在此限。
四、相關價格之核算原則如下：
（一）加權平均價格之核算原則：藥價調查申報之個別藥品市場加權平均價格（小數以下第五位四捨五入）。
（二）同分組分類藥品之加權平均價格之核算原則：藥價調查申報之同分組分類市場加權平均價格（小數以下第五位四捨五入）。
（三）新藥價之核算原則：
1.小於 5 元者，取小數點後兩位，第三位（含）以後無條件捨去。
2.大於或等於 5 元且小於 50 者，取小數點後一位，第二位（含）以後無條件捨去。
3.大於或等於 50 元者，取至整數，小數點以後無條件捨去。