本條例之主管機關為內政部。

為執行兵役及替代役事務，內政部應成立役政署，並得設置地區役政檢訓中心，各就主管事項，分別辦理各區之兵役及替代役有關事務。

內政部役政署、地區役政檢訓中心組織，另以法律定之。

直轄市、縣（市）政府應受主管機關指揮、監督，執行替代役業務。

替代役之類別區分如下：

替代役類別實施順序及人數，由主管機關擬訂，報請行政院核定。

中華民國男子年滿十八歲之翌年一月一日起，除依第五條之一規定申請服研發替代役或產業訓儲替代役外，經徵兵檢查為常備役體位者，得依志願申請服一般替代役；檢查為替代役體位者，服一般替代役。

原住民依前項規定申請服一般替代役或服一般替代役者，主管機關得依其意願優先服原住民族部落役。

第一項申請服一般替代役役男，具下列資格者，得優先甄試，並依下列順序決定甄試順序：

前項所定學歷、經歷及專業訓練，由主管機關會商需用機關定之。

因犯罪於法院審理中或經判決有罪確定，主管機關得不予許可其申請服一般替代役或限制其所服一般替代役類（役）別。但少年犯罪、過失犯或受緩刑之宣告而未經撤銷者，不在此限。

申請服一般替代役之資格、申請程序、期限、條件、錄取方式及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

第一項替代役體位徵服一般替代役之實施日期，由行政院定之。

中華民國男子年滿十八歲之翌年一月一日起，經徵兵檢查為常備役體位或替代役體位，具國內或符合教育部採認規定之國外大學校院碩士以上學歷者，得申請並經甄選服研發替代役；具國內或符合教育部採認規定之國外專科學校或大學校院畢業，獲有副學士以上學歷者，得申請並經甄選服產業訓儲替代役。

研發替代役及產業訓儲替代役之申請與甄選程序、錄取方式、訓練進修、服勤、管理、用人單位轉調及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

經甄選錄取服研發替代役或產業訓儲替代役之役男於接受基礎訓練及專業訓練前，應與用人單位簽訂書面契約，其契約內容應包括第二階段及第三階段之權利義務事項。

前項書面契約，用人單位應於簽訂後十日內，送主管機關備查。

第一階段研發替代役或產業訓儲替代役役男，適用本條例規定。

第二階段研發替代役或產業訓儲替代役役男，不適用勞動基準法規定；其權利義務事項，除本條例另有規定者外，適用一般替代役之規定。

第三階段研發替代役或產業訓儲替代役役男與用人單位間具僱傭關係，有關勞動條件及保險事項，依勞動基準法、勞工退休金條例及勞工保險條例規定辦理，不適用本條例規定；其所需費用由用人單位負擔。