本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構，應依下列程序辦理本評鑑：
一、組成評鑑小組，統籌整體評鑑事宜。
二、應擬訂評鑑實施計畫，包括評鑑項目、基準（指標）、程序、結果、申復、評鑑委員資格、講習、倫理、迴避及其他相關事項，經評鑑小組通過後，由本部於辦理評鑑六個月前核定公告之。
三、辦理評鑑說明會，針對評鑑實施，向受評鑑之直轄市、縣（市）主管機關詳細說明。另辦理評鑑委員評鑑行前說明會。
四、評鑑結束後，應於三個月內完成評鑑報告初稿，並送達各受評鑑直轄市、縣（市）主管機關。
五、對評鑑報告初稿不服之受評鑑直轄市、縣（市）主管機關，應於初稿送達後十四日內，向本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構提出申復；申復有理由者，評鑑小組應修正評鑑報告初稿；申復無理由者，維持評鑑報告初稿，並完成評鑑報告書及評鑑結果。
六、本部或本部委託之學術團體或專業評鑑機構，應公布評鑑結果，並將評鑑報告書送達受評鑑之直轄市、縣（市）主管機關。
七、評鑑委員之迴避，應依行政程序法相關規定辦理。
八、評鑑委員及參與評鑑相關人員對評鑑工作所獲取之各項資訊，應負保密義務，不得公開。