本辦法依據科學園區設置管理條例（以下簡稱本條例）第二十九條第二項規定訂定之。

管理局依本辦法規定，向園區內設立之園區事業、金融機構及其他機構收取管理費。但非營利性質之政府機構、提供園區水、電基礎設施設備之公用事業得免予收取。

金融機構依其銷售額萬分之二繳納管理費，不受第三條第一項繳納基本費規定之限制。

一、以每二個月為一期，於每單月二十日以前自動向管理局申報並向所指定之銀行繳納管理費。

二、已於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時應檢具管理費自動申報明細表、經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本、抵扣項目憑證及科學園區園區事業免用統一發票收據明細表，並應將收據合計數填報於營業人銷售額與稅額申報書相關欄位。園區事業以總、分支機構分設於園區內外，其由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額及繳納營業稅額者，另應檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之總機構彙總申報營業人銷售額與稅額申報書，管理局並得洽請其提供進出口報單、出貨證明、銷貨訂單，或其他經管理局同意足資證明其營業額之文件。

三、未於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納基本費時應檢具管理費自動申報明細表。

四、金融機構應檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本。

五、園區事業及金融機構應妥為保管繳款單據，以作為繳納管理費之證明。

園區事業申報銷售額之銷貨退回或折讓、代收代付、出售固定資產或廢料、樣品贈送、利息收入、融資租賃或配合稅法相關規定之情形經科技部核准者，經檢具足資證明之文件，無須繳納管理費。

依第二條規定應繳納管理費之機構及事業，逾期未繳納者，依本條例第三十三條規定辦理。

管理局得調查園區事業及金融機構之管理費申報情形，並得函請主管稽徵機關提供園區事業及金融機構申報之總、分支機構營業人銷售額與稅額申報書等銷售額資料，經發現不符者，應查明原因並依查明之結果處理。

依第二條規定應繳納管理費之園區事業，經管理局撤銷或廢止其投資案，或其他機構於辦妥解約手續者，無須繳納當期管理費。

管理局為估算園區各產業產值、營運及銷售等數值，得請園區事業提供預估營業額資料，以作為未來評估收取管理費之參考。

為因應天災、癘疫、國內外財政、經濟、社會重大變故，避免園區內相關事業、機構發生營運困難或嚴重衝擊，以協助園區高科技產業永續發展，提升我國科技競爭力，管理局得報經科技部核定，公告實施紓困措施，於一定期間內給予管理費優惠方案。